当病院の敷地は、かつて長崎教区の浦上神学校があったところです。
その後、フランシスコ会の神学校となり、太平洋戦争開始後は「浦上第一病院」に変わりましたが、1945年原子爆弾によって焼け野原となりました。
その跡地に、再びフランシスコ会により「聖フランシスコ診療所」が開かれますが1949年より聖フランシスコ病院修道女会のシスター方に移管され現在の「聖フランシスコ病院」の開設となりました。そして、その70周年を機に、2019年10月よりカトリック長崎大司教区への移管にいたっています。
神さまのお恵みの中で、皆さまから大きなご支援とご協力を賜りながら地域の医療活動（命への奉仕）が存続できていますことに心から感謝申し上げます。
これからも当病院が、キリストの愛の精神に基づいて運営され、優秀なスタッフにも恵まれ、皆さまに信頼し利用していけだけるように努めてまいります。

どうぞ、今後ともよろしくお願いいたします。

当院は1949年、聖フランシスコ病院修道女会により設立され診療を開始いたしました。そして現在まで70年以上にわたって地域の医療に貢献してくることができました。これも地域の皆様や近隣の医療機関のご支援があったからこそと思うところです。そして2019年10月よりカトリック長崎大司教区の被包括団体に入り、新しいスタートを切りました。
現在、内科、外科、泌尿器科、放射線科、整形外科（非常勤）の診療を行っています。　病床数は190床で、一般病棟と緩和ケア病棟に加え、地元密着の地域包括ケア病棟からなっています。その中で特色の一つ目として1998年より緩和ケア病棟を設置して癌の終末期医療に力を注いでいます。二つ目として透析医療を行い幅広い病態に対応できる体制をしいています。三つ目としては開設母体のカトリックの癒しの精神を大切にしていることがあげられます。

医療をとりまくあらゆる環境が年々変化していきますが、その流れに乗りつつ、「私たちは地域の皆様に信頼される質の高い医療を目指します」という当院の理念を念頭において日々の診療に取り組んでまいります。どうぞよろしくお願い申し上げます。